为什么用16sRNA鉴定菌种

为什么用16sRNA鉴定菌种

用16SRNA坚定菌种主要原因：1、16SRNA的比较保守，与原始物种的RNA 形似度最高。16SRNA保守程度高，意为在不同生物间从真核到原核大多均有都有16SRNA存在。

2、16SRNA有重要且恒定的生理功能，在细胞中含有较大量的易于提取的16SRNA。

3、16SRNA的基因在细胞中不像质粒DNA那样会转移而是稳定。

4、16SRNA分子量适中，且信息量较大且易于分析。

细菌鉴定中到底是16srDNA测序还是16srRNA测序?

细菌鉴定中测序测的是16S rDNA基因，因为RNA是不稳定的。

16S rDNA因其序列在物种间的高度多样性，成为细菌分类学研究的“分子钟”，素有“细菌化石”之称。

16S rDNA基因全长1542 bp，由9个可变区和10个保守区组成。其中保守区反映了生物物种间的亲缘关系，而可变区则表明物种间的差异，且变异程度与细菌的系统发育密切相关。

16srDNA测序包括细菌基因组DNA提取、16SrDNA特异引物PCR扩增、扩增产物纯化、DNA测序、序列比对等步骤。是一种快速获得细菌种属信息的方法。英文名称是16S ribosomal DNA identification，应用有细菌种属鉴定。

扩展资料：

在实验室中，主要是根据所用的鉴定仪器特点、感染性疾病的类型、标本种类、采集部位等因素建立具体的微生物学检验程序，大致步骤如下。

1、获得被鉴定菌种的纯培养菌落。

2、确定染色（革兰染色、抗酸染色）、形态和排列，按科、属、种依次鉴定下去。

3、运用知识、经验、最小数量的试验方法做出鉴定。

参考资料来源：百度百科-DNA测序

16sRNA怎样鉴定细菌

16s rRNA长度为1.5k多，作为菌种鉴定一般选择相似度97%的标准，相似度超过97%一般定义为同一种菌。

如果是sanger测序获得16s全长的都可以鉴定到种，甚至能区分亚种。有些细菌并不只有1个16s序列，会包含有1-15拷贝的16s序列，所以单一的16s序列鉴定可能会出现偏差。

利用高通量如454或miseq测序一般由于读长的缘故，通常只有300-500多个碱基被测序，所以在物种鉴定上一般比较可靠的是能分类到属，部分能分类到种。

根据我们的经验，不同的样品会有大约10-50的菌能分类到种。利用新的分析方法，我们现在也可以利用16s rRNA的群落多样性高通测序数据进行亚种级别的分析。主要是利用16s中共同变化的SNP位点进行分型。这样可以大大提高菌种的分类精度，尤其是在有些菌株之间表型差异巨大的时候。

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