森林脑炎病理改变广泛,大脑半球灰质、白质及脑膜均可累及,脊髓颈段、脑桥、中脑及基底神经节病变常较为严重,这是因为血管分布特别多的网状结构中病毒特别多之故。与乙型脑炎不同,本病脊髓亦有明显损害,颈段比胸、腰段重,灰质比白质重,脑及脊髓病变主要为炎性渗出性病变,表现为出血、充血、血管周围淋巴细胞套状浸润,神经细胞变性、坏死及神经胶质细胞增生,亦可出现退行性病变体。内脏器肝、肾、心、肺均可出现渗出性和退行性病变。
在发病7日内可从患者脑组织内分离到病原体,也可在其他脏器和体液,如脾、肝、血液、脑脊液、尿液等中检出,但阳性率较低。
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